O PROTA, aprovado em 2010, através do Decreto Legislativo Regional n.º 26/2010/A, de 12 de agosto, pretende traduzir em termos espaciais os grandes objetivos de desenvolvimento económico e social sustentáveis formulados para o arquipélago e estabelecer as medidas de articulação das políticas estabelecidas no PNPOT e nos planos sectoriais preexistentes, bem como das políticas e medidas contidas nos planos especiais de ordenamento do território e nos planos municipais de ordenamento do território, culminando no objetivo de servir de quadro de referência para a elaboração de planos especiais, intermunicipais e municipais de ordenamento do território.

Os planos sectoriais são instrumentos de programação ou de concretização das diversas políticas com incidência na organização do território regional. No final de 2016, a Região disponha de seis instrumentos de política sectorial, ou seja, mais dois do que no final de 2013. Estes dois novos planos dizem respeito às atividades extrativas da Região e a um plano de gestão de riscos de inundações. Já o plano na área do turismo, o no domínio da Rede Natura 2000, um outro no âmbito dos resíduos e o referente à água já se encontravam em vigor no final do ano 2013.