Apenas foram contabilizadas todas as espécies marinhas dos Açores no ano de 2010 (Borges et al. 2010). Nele, identificaram-se 1883 taxa associadas ao Mar dos Açores. De notar que esta listagem inclui só invertebrados marinhos costeiros e como tal não representa a diversidade real deste grupo de organismos, no mar dos Açores, pois as espécies oceânicas representam uma fração consideravelmente maior. Ao contrário, as listas de vertebrados estão completas.
Cardigos et al. (2006) quantificou as espécies exóticas marinhas identificadas até à data nos Açores. Entre o grupo de espécies não indígenas registadas, oito podem ser consideradas invasivas: a alga vermelha Asparagopsis armata, as algas verdes Codium fragile e Caulerpa webbiana; o briozoário Zoobotryon verticillatum; e as ascídeas Clavelina oblonga, Clavelina lepadiformis, Distaplia corolla e Styela plicata.
Apesar da incipiente industrialização dos Açores, que estão normalmente na origem da poluição por substâncias perigosas, a ZEE dos Açores não está imune à exposição destas substâncias, embora com diferentes níveis, consoante o tipo de substâncias. As razões da presença destas substâncias variam também em função de contaminações locais, por acidentes ou incúria, ou por causas mais globais que também acabam por atingir a região. Depledge et al. (1992) reconhecem que, embora a sociedade açoriana seja pouco industrializada, tal não significa que não tenha poluição por substâncias perigosas, sobretudo em consequência de más práticas agrícolas e pecuárias (utilização excessiva de fertilizantes e pesticidas), aliada à deficiente deposição de resíduos sólidos. De acordo com Santos et al. (1995), os níveis de metais pesados e de outros produtos químicos no ambiente marinho dos Açores não parecem diferir significativamente dos observados noutras áreas do Atlântico Norte.
Os dados relativos à presença de hidrocarbonetos no ambiente marinho dos Açores são irregulares, dado que resultam de conhecimentos relativos a situações acidentais. A base de dados da qualidade das águas balneares dos Açores, apesar de incidir apenas sobre uma parte do ano (época balnear) e a amostragem se limitar às zonas classificadas com este estatuto, desde 2009, acaba por conter os dados mais sistematizados (ver http://www.azores.gov.pt/Gra/srrn-mar/conteudos/livres/Qualidade+das+águas+balneares.htm). Assim desde 2009 até ao presente, a presença de óleos minerais (2009) ou de alcatrão (2010 até ao presente), é insignificante.
O contaminante com possível dano para a saúde humana mais estudado nos Açores é Mercúrio, em especial em espécies de grandes predadores pelágicos. Há diversos trabalhos científicos sobre este aspeto e uma monitorização constante sobre as espécies capturadas que possam ter elevadas concentrações, como sejam as diferentes espécies de atum e espadarte. As cracas (Megabalanus azoricus) atingem valores muito elevados de Cádmio, superando em muito os valores legalmente permitidos para alimentação humana na Europa (Dionísio et al., 2013).