Para aferir o estado de conservação da Natureza são realizadas avaliações tanto das espécies como dos habitats naturais listados nos anexos das Diretivas Aves e Habitats.
Apesar de não dizerem respeito à globalidade das espécies da flora e da fauna protegidas, os resultados dos Relatórios Nacionais de Aplicação das Diretivas Aves e Habitats espelham, de uma forma razoável, o seu estado geral de conservação. Os relatórios são de elaboração periódica (de 6 em 6 anos), tendo os últimos sido realizados para o período 2013-2018.
Considerando que as 2 espécies do género Lycopodium, as 2 do género Huperzia e a espécie Diphasium madeirense foram englobadas no grupo Lycopodium sp. e que foi excluída a espécie Marsilea azorica (reconhecida como espécie exótica nos Açores), atualmente, são reportadas e avaliadas no âmbito do Artigo 17º da Diretiva Habitats, 31 espécies de flora terrestre dos Açores.
A Avaliação Global do Estado de Conservação de 10 espécies foi Favorável (é expectável que a espécie prospere sem qualquer alteração às medidas de gestão existentes), de 8 Desfavorável – Inadequado (a espécie está em perigo de extinção, pelo menos ao nível local, sendo necessária uma alteração das medidas de gestão praticadas) e de 13 Desfavorável – Mau (a espécie está em perigo de extinção, pelo menos ao nível local, a um nível superior ao da categoria anterior).
As diferenças na avaliação global do estado de conservação registadas, em relação ao relatório anterior, devem-se principalmente a uma melhoria do conhecimento/dados mais precisos.
A espécie Nyctalus azoreum, único mamífero endémico dos Açores, de acordo com o último relato no âmbito do Artigo 17º, mantém o seu Estado de Conservação avaliado como Desfavorável - Inadequado.
No âmbito da Diretiva Aves não se avalia o “estado de conservação” das espécies (conceito estipulado apenas na Diretiva Habitats), sendo para o efeito estimadas as tendências da população. São considerados dois períodos para avaliação das tendências, curto prazo (últimos doze anos) e longo prazo (desde ca. 1980) e são consideradas seis categorias de tendências: Estável, Flutuante, Crescente, Decrescente, Incerta e Desconhecida.
No âmbito do artigo 12º da Diretiva Aves, para o período 2013-2018, foram relatadas 36 espécies terrestres (24 nidificantes e 12 invernantes). Dessas espécies foi possível determinar o tamanho da população de 26 (72%).
A avaliação da tendência das populações das espécies nidificantes, sobretudo no que se refere a longo prazo é predominantemente Desconhecida (96%). A curto prazo, a tendência de crescimento e de desconhecimento está a par, ambas para 33% das espécies. Por sua vez, para 25% das espécies a tendência é de estabilidade, sendo decrescente apenas para 8% das espécies.
A avaliação da tendência das populações de espécies invernantes no que se refere a curto e longo prazo é Desconhecida.
Graças à implementação de projetos de conservação LIFE dirigidos ao priolo (Pyrrhula murina) e ao seu habitat, o estatuto de conservação desta espécie, de acordo com os critério da IUCN, passou de “Em Perigo” para "Vulnerável" desde 2016. No âmbito do relatório da Diretiva Aves, tem uma tendência populacional estável e crescente, a curto e longo prazo, respetivamente.
Nos Açores ocorrem 29 habitats (26 terrestres e 3 marinhos) constantes do Anexo I da Diretiva Habitats. Dos 26 habitats terrestres protegidos a Avaliação Global do Estado de Conservação de 7 habitats foi Favorável (é expectável que o habitat prospere sem qualquer alteração às medidas de gestão existentes), de 13 Desfavorável – Inadequado (o habitat natural está em perigo de extinção, pelo menos ao nível local, sendo necessária uma alteração das medidas de gestão praticadas), de 5 Desfavorável – Mau (o habitat natural está em perigo de extinção, pelo menos ao nível local, a um nível superior ao da categoria anterior) e de 1 Desconhecido (habitat para o qual não é possível avaliar o estado de conservação, fundamentalmente por falta de informação sobre alguns ou todos os parâmetros utilizados).
Os habitats com avaliação mais desfavorável correspondem ao grupo dos Habitats Costeiros e Vegetação Halófita e de Turfeiras.
As diferenças na avaliação global do estado de conservação assinaladas, em relação ao relatório anterior, devem-se principalmente a alterações genuínas.
No último relatório ao Art. 17 da Diretiva Habitats (2013-2018), o estado de conservação das espécies listadas nos respetivos anexos (mamíferos marinhos, tartarugas marinhas e o invertebrado cavaco) foi considerado “Desconhecido” para todas as espécies nos Açores, uma vez que os peritos consideraram a informação existente como insuficiente para se poder proceder a essa avaliação. No entanto, devido ao facto de os cetáceos Balaenoptera edeni, Delphinus delphis, Globicephala macrorhynchus e Stenella frontalis, se apresentarem em estado "Favorável" na Madeira, embora “Desconhecido” nos Açores, optou-se por manter o seu estado como "Favorável" no reporte conjunto da região biogeográfica do Mar da Macaronésia, tendo a devida ressalva sido feita nas observações desse relatório. Relativamente aos cetáceos e tartarugas marinhas, embora exista um volume de informação científica considerável sobre a ocorrência, a ecologia e o comportamento destas espécies migradoras nos Açores, os programas de monitorização existentes à data desse reporte (dados oportunísticos de programas de observação de pescas, ou dedicados, mas com escalas espaciais e temporais limitadas) não permitiram determinar os parâmetros demográficos das espécies, nem a qualidade do habitat usado. A esta limitação metodológica, acresce o facto destas espécies terem áreas de distribuição muito para além da ZEE da Região, pelo que o estado de conservação da população só pode ser determinado por iniciativas internacionais, coordenadas à escala das grandes bacias oceânicas.
No que respeita às aves marinhas, e de acordo com o último Relatório do Art. 12 da Diretiva Aves (2013-2018), das 10 espécies nidificantes regulares na Região (6 Procellariiformes Bulweria bulwerii, Calonectris borealis, Hydrobates castro, Hydrobates monteiroi, Puffinus lherminieri, Puffinus puffinus e Onychoprion fuscatus e 3 Charadriiformes Sterna hirundo, Sterna dougallii e Larus michaellis) as tendências populacionais foram estáveis para 2 espécies e flutuantes para outras 2, sendo as restantes desconhecidas, enquanto as tendências da sua distribuição reprodutora foram estáveis para 4 espécies, flutuantes para 2 e desconhecidas para as restantes.
O estado de conservação dos 3 habitats marinhos da Rede Natura 2000 foi reportado como “Desconhecido (XX)” para o Mar da Macaronésia (MMAC), no último Relatório do Art. 17 da Diretiva Habitats.
Relativamente às grutas costeiras submersas e semi-submersas, verifica-se que este é um habitat que se distribui recorrentemente ao longo das costas de todas as ilhas dos Açores, dada a sua natureza geológica.
Neste momento estão mapeadas mais de 1600 grutas e cavidades, nas nove ilhas, com maior abundância em Santa Maria, a ilha mais antiga e particular do ponto de vista geológico. As baías abrigadas não são um habitat dominante na região, dado o elevado grau de exposição das zonas costeiras das ilhas às condições oceanográficas, mas sabe-se que funcionam como maternidade e zonas de crescimento e alimentação para uma diversidade de peixes costeiros.
Os recifes rochosos, na definição da Diretiva Habitats, enquadram-se numa diversidade de habitats marinhos que vão desde as baixas ou recifes costeiros até aos campos hidrotermais a mais de 2000 m de profundidade, passando pelos montes submarinos de todas as tipologias. Neste contexto, recife enquanto habitat, é um conceito de difícil operacionalização para avaliação do estado de conservação e monitorização.
O conhecimento existente sobre as comunidades associadas às baixas costeiras é considerável, mas o número dessas estruturas que tem sido estudado e monitorizado é relativamente reduzido. Estes habitats, assim como ilhéus vulcânicos costeiros e oceânicos (p.e. Formigas) e montes submarinos oceânicos cujos topos atingem as águas mais superficiais (i.e. D. João de Castro, Princesa Alice) são particulares por albergarem comunidades tipicamente costeiras e agregarem organismos das comunidades oceânicas epipelágicas, que interagem ecologicamente entre si.
Apesar dos esforços no sentido de melhorar o grau de conhecimento sobre estes habitats, ainda existem lacunas consideráveis relativamente à sua ecologia e a investigação aplicada à conservação dos habitats marinhos é uma necessidade identificada, que exige recursos dedicados consideráveis, considerando a extensão de quase 1 milhão de km2 do Mar dos Açores.
Estes habitats classificados estão representados e incluídos em áreas marinhas protegidas dos Parque Naturais de Ilha e do Parque Marinho dos Açores.